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華大基因超級測序儀上市 挑戰Illumina HiSeq系列

【字體: 時間:2015年06月10日 來源:生物通

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  作為全球最大的基因組研究機構,華大基因(BGI)也迎來了自己的測序儀。上周末,在歐洲人類遺傳學會議上,華大基因展出了首款DNA測序儀。這款名為Revolocity™的超級測序儀,是基于華大基因子公司Complete Genomics開發的技術。

作為全球最大的基因組研究機構,華大基因(BGI)也迎來了自己的測序儀。上周末,在歐洲人類遺傳學會議上,華大基因展出了首款DNA測序儀。這款名為Revolocity™的超級測序儀,是基于華大基因子公司Complete Genomics開發的技術。

Complete Genomics位于美國加利福尼亞州山景城,也是一家很特別的公司。早期,它只提供人類基因組測序服務,而不像其他公司那樣售賣測序儀。2013年,Complete Genomics被華大基因收購。

正如預期,Revolocity是為超高通量應用而設計的,可平行測序多個人類外顯子組或基因組。華大基因表示,此系統每年能完成10,000個全基因組測序,并計劃通過未來的升級將產量提高兩倍。這個應用將以50倍的平均覆蓋度覆蓋96%的人類基因組,帶來小變異、拷貝數變異和結構變異的高質量數據。

Revolocity是一臺完全集成式的超級測序儀,可以對人全血、唾液等各種樣本進行自動化的DNA提取,并將樣本進行文庫制備、測序和數據分析。據介紹,這種無縫整合的流程能夠削減人員成本,降低周轉時間,并減少錯誤的來源,讓研究人員不需要從多個供應商處采購、整合和驗證系統組件。

以人類全基因組測序為重點,無疑讓Revolocity與Illumina的HiSeq系列正面交鋒,包括HiSeq X、HiSeq 4000和HiSeq 3000系統。這些測序儀采用Illumina最新的圖案化流動槽技術,使得通量大幅提高。以HiSeq X Ten儀器為例,每年可完成18,000個人類全基因組測序,售價約為1000萬美元。

目前市場上還沒有儀器能與HiSeq X Ten抗衡,除了Revolocity。據悉,Revolocity的售價為1200萬美元,且目前已經有了兩個客戶。他們分別是:澳大利亞的Mater健康服務公司和荷蘭奈梅亨大學醫學中心。

HiSeq系列和Revolocity使用的是完全不同的測序技術。大家都知道,HiSeq系列采用了Illumina邊合成邊測序(SBS)技術。Complete Genomics的技術則比較獨特,是基于DNA納米球,其中短的DNA序列被環化并隔離到一個流動槽中,之后接受拷問。

這兩種儀器都是高度專業化的:HiSeq X只支持人類全基因組測序,而Revolocity支持人類基因組和外顯子組。同時,它們也都提供短的讀長。將測序結果與參考序列比較時,人們足以發現單核苷酸變異和短的插入缺失,但可能發現不了大的結構變異。

盡管存在這些挑戰,但大規模測序仍在如火如荼地進行中,動輒就是千人、萬人的測序項目,而越來越多的基因組中心也在爭相承擔這些項目。對于華大基因而言,他們可能還需要一點時間來說服客戶采用這個不太熟悉的平臺。不過,Revolocity的出現也意味著Illumina有了強勁的對手。(生物通 余亮)

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